Sin dal lancio, i fan di Super Mario Maker 2 hanno lamentato l'impossibilità di giocare online insieme ai propri amici, funzionalità limitata alla sola modalità multiplayer locale.
Nintendo ha finalmente accontentato i giocatori, introducendo una patch gratuita con il supporto al multiplayer online.
Il gioco è ora compatibile con l'applicazione Nintendo Switch Online per mobile, che consente di trovare altri giocatori con facilità e utilizzare la chat vocale per le partite online.
Il supporto al comparto online è confermato sia per la modalità cooperativa che per quella competitiva, mentre tra le novità spicca la possibilità di trovare nuovi giocatori nelle vicinanze e di giocare insieme a un amico direttamente a uno dei livelli presenti sul suo profilo.