Sono cominciati nel 1997, con il crac di Lombardia Risorse, i guai giudiziari per Roberto Formigoni. Escluse le due condanne per aver diffamato i Radicali, nei suoi confronti sono stati aperti 8 procedimenti penali. In 5 casi è stato assolto, prosciolto o la sua posizione è stata archiviata. Condanna per il caso Maugeri.
CRAC LOMBARDIA RISORSE - Nel 1997 è indagato per bancarotta con altre persone per il fallimento di Lombardia Risorse, controllata dalla Regione. Nel 2001 viene prosciolto dal gup.
DISCARICA CERRO MAGGIORE - Nel settembre 2000 riceve un invito a comparire per abuso d'ufficio per irregolarità nella gestione della discarica di Cerro Maggiore. Nel 2005 viene assolto dal Tribunale.
FONDAZIONE BUSSOLERA BRANCA - Nel gennaio 2001 è tra gli indagati, solo per abuso di ufficio, nell'indagine sulla fondazione Bussolera Branca. Nell'ottobre 2002 viene assolto con i coimputati in primo grado, sentenza confermata in appello e in Cassazione.
INCHIESTA SU PM10 A MILANO - Il primo dicembre 2009 riceve un avviso di garanzia con Letizia Moratti e altri in un'inchiesta, poi archiviata, sullo sforamento dei limiti di PM10 a Milano.
DISCARICA CAPPELLA CANTONE - Nel 2013 è tra gli indagati per corruzione per il caso della discarica di Cappella Cantone (Cremona). L'accusa viene modificata in induzione indebita e nel 2014 per una imputazione viene prosciolto e per l'altra archiviato.
INCHIESTA SU PRESUNTE TANGENTI SANITA' - Nel 2013 viene indagato per corruzione e turbativa d'asta per presunte tangenti in cambio di appalti nella sanità lombarda con altre persone tra cui l'ex consigliere regionale Massimo Guarischi. Per questa vicenda è sotto processo davanti al Tribunale di Cremona.
ESONDAZIONI FIUME SEVESO - E' indagato con altri, tra cui il suo predecessore e alcuni ex sindaci, per disastro colposo. Il fascicolo è ancora aperto
MAUGERI-SAN RAFFAELE - Nel giugno 2012 viene indagato per corruzione aggravata dalla transnazionalità con altre persone, tra cui Daccò e Simone per il caso Maugeri. Per la Procura ha "svenduto la sua funzione" in cambio di utilità come viaggi, vacanze e cene. Stessa ipotesi per il filone sul San Raffaele. Nel febbraio 2013 con i coimputati viene accusato di associazione per delinquere. Nel dicembre 2016 viene condannato a 6 anni per corruzione, assolto per l'associazione. Nel settembre 2018 in appello la pena aumenta a 7 anni e mezzo. La Corte dei Conti ha disposto il sequestro di 5 milioni. Giovedì 21 febbraio il giudizio della Cassazione.