A bordo della nave Diciotti c'era la possibilità che ci fossero infiltrazioni terroristiche e o criminali. E' quanto sostenuto da funzionari del Viminale davanti ai magistrati siciliani, "anche se la ricostruzione del Tribunale dei ministri non ne ha tenuto conto". Alcuni stranieri avrebbero rifiutato l'accoglienza. La maggior parte di loro lasciò i centri, "preferendo frequentare organizzazioni come Baobab per far perdere le proprie tracce".
Il rischio di infiltrazioni, sottolineano fonti del Viminale ai magistrati nell'inchiesta che vede indagato il ministro dell'Interno Matteo Salvini, era emerso più volte, anche in occasione del Comitato nazionale per l'ordine e la sicurezza pubblico che si era svolto pochi giorni prima in Calabria. Un caso era venuto alla luce, per esempio, il 24 giugno 2018, quando due tunisini sbarcati a Linosa erano risultati già espulsi dall'Italia nel 2015 per orientamenti filo-jihadisti.
In riferimento alla ricostruzione del Tribunale dei Ministri, dal Viminale fanno notare che i migranti che si trovavano a bordo della nave Diciotti erano così stremati da potersi permettere di rifiutare, nel giro di pochissimi giorni, l'accoglienza. La maggior parte di loro, sostengono le fonti, lasciò i centri, preferendo frequentare "organizzazioni opache come Baobab" con l'obiettivo di lasciare il Paese e far perdere le proprie tracce. Alimentando "la possibilità di essere associati a percorsi criminali".
Dal Viminale contestano dunque che i migranti a bordo versassero in gravi condizioni psico-fisiche. Quando fu dato il via libera allo sbarco dei minori (il 22 agosto), ricordano, gli stranieri decisero di restare volontariamente a bordo per terminare un rito religioso per circa due ore. E proprio la presenza di minori "sequestrati", segnalano le fonti, aggrava la posizione del ministro.