Tom Cruise avrebbe divorziato anche da Mimi Rogers, la sua prima moglie, su pressione di Scientology. E' questa la tesi di "Going Clear", il documentario della Hbo, basato sulle rivelazioni dell'ex capo della chiesa di Scientology Mark "Marty" Rathbun. Al blogger Tony Ortega, Rathburn ha invece raccontato altri retroscena del divorzio, che sarebbe stato orchestrato nell'intento di allontanare la star dalla famiglia della moglie.
Katie Holmes ha ammesso di aver divorziato da Tom Cruise perché temeva l'influenza di Scientology nella vita della figlia Suri. Il documentario Going Clear attribuisce alla religione la fine del matrimonio tra l'attore e Nicole Kidman, durato 10 anni. Ora le nuove rivelazioni di Mark Rathbun indicano Scientology come causa della rottura tra il divo di Hollywood e la prima moglie Mimi Rogers.
In particolare il capo supremo David Miscavige avrebbe incoraggiato Tom Cruise a tradire Mimi Rogers (il cui vero nome è Miriam Spickler). Il tutto per allontanare Cruise dal padre di lei, Phil Spickler. Spickler era stato uno dei fondatori della chiesa di Scientology, che aveva lasciato in maniera polemica nel 1982.
Tom Cruise si avvicinò a Scientology nel 1986 proprio per volere di Mimi Rogers, che conobbe nel 1985 e sposò nel 1987. L'attrice era convinta che la religione avrebbe potuto "correggere" lo stile di vita da playboy dell'allora emergente attore, che era più giovane di lei di 6 anni e aveva fama di donnaiolo.
Il 1986 fu l'anno in cui il padre fondatore L. Ron Hubbard morì e, secondo l'autore di Going Clear Lawrence Wright, Scientology aveva bisogno di una celebrità per migliorare la propria immagine. Cruise era la persona giusta, ma il suo legame con Spickler poteva essere ingombrante.
Per questo motivo, secondo Rathbun, che ha lasciato Scientology nel 2004, Miscavige avrebbe dato a Greg Wilhere, suo uomo fidato, il compito di convince Tom Cruise a volere Nicole Kidman in Giorni di tuono, il film dove i due si sono conosciuti. Cruise effettivamente pretese che l'attrice australiana, all'epoca 22enne fosse ingaggiata per il film e con lei intraprese una relazione clandestina sul set.
Era il 1990. La Rogers venne a conoscenza della relazione e il matrimonio con Tom Cruise finì nel giro di poco tempo. L'anno successivo lasciò Scientology. Da allora non ha mai più parlato della religione, né della sua relazione con Tom Cruise, con il quale, stando ad alcune fonti riportate da Ortega, firmò un accordo per tacere ogni particolare. Unica eccezione, un'intervista rilasciata a Playboy nel 1993, in cui l'attrice si limitò a dire, con notevole senso dell'umorismo, che il matrimonio era finito perché "le necessità spirituali dell'ex marito mal si adattavano con la condizione di uomo sposato".