La Scuola Superiore Sant'Anna di Pisa è quarta a livello mondiale nella classifica delle giovani università, diffusa da THE - Times Higher Education, che valuta le performance delle giovani istituzioni universitarie, fondate da meno di 50 anni. Si tratta del suo migliore risultato ottenuto nel Times Higher Education - Young University Rankings 2020, con un consolidamento nella "top ten" delle giovani università.