E' stato un bambino prodigio, perché Jonathan Lipnicki ha cominciato a recitare all'età di cinque anni al fianco di attori molto famosi e lanciatissimi come Tom Cruise nel film "Jerry Maguire". Ma da allora ne ha fatta di strada alternandosi tra cinema e tv. Adesso che di anni ha 21 è una star conosciuta a Hollywood che però ai film commerciali ha sempre preferito le pellicole indipendenti.
L'interpretazione di Ray Boyd, il 'figlioccio' di Tom Cruise in "Jerry Maguire", gli ha fatto vincere il riconoscimento come "migliore attore bambino dell'anno" della National Broadcast Film Critics Association. Ed è stata soprattutto il suo trampolino di lancio.
Tre anni dopo, nel 1999, Jonathan è la star di "Stuart Little-Un topolino in gamba", la storia di un ragazzo la cui famiglia adotta un topo parlante, un ruolo che riprenderà nel 2002. E, sempre nel 2002, è il protagonista de "Il sogno di Calvin". Film che hanno avuto un buon riscontro al botteghino. Molte sono anche le partecipazioni in serie tv e sitcom come "Dawson's Creek" e "Meego".